麦克（文特沃斯•米勒 Wentworth Miller 饰）为了帮莎拉顶罪进入了巴拿马最凶险的监狱——SONA，这里专门关押一些重刑犯。因为这里几年前囚犯们发生了暴乱，当地的军队已经完全撤出，剩下这里的犯人自生自灭。这时，林肯（多米尼克•珀塞尔 Dominic Purcell 饰）的儿子LJ和莎拉被Company的人绑架了，他们要求麦克帮助他们完成一项任务，那就是在一周内将在SONA里的澳大利亚人找到并救出来。为了心爱的女人和侄子LJ，麦克和在外面活动的林肯又开始了他们新一轮的越狱计划！

一位知悉国家机密的CIA探员比利·波普（瑞恩·雷诺兹 Ryan Reynolds 饰）意外身亡，在弗兰克斯博士（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）的协助下将其记忆与技能植入了一位极度危险且无法预测的罪犯杰里科·斯图尔特（凯文·科斯特纳 Kevin Costner 饰）身上，而探员贵格·威尔斯（加里·奥德曼 Gary Oldman 饰）必须靠这位不定时炸弹来摧毁企图攫取国家机密的犯罪组织。杰里科·斯图尔特为了救回换脑后渐渐爱上的比利·波普被胁迫的妻子和孩子，重新找回自己的生活，不得不在48小时的时间里，与犯罪组织展开殊死搏斗。